Varios años después de la historia de The Legend of Zelda, justamente en el cumpleaños número 16 de Link, éste notó algo raro en su mano izquerda. Tenía una marca similar a un mapa de Hyrule. Link busca a Impa, para que le explique lo que significa esta marca. Impa le dice que vaya al Castillo del Norte, donde una doncella llamada Zelda está sumida en un profundo sueño. Ella, según Impa, dio inicio a la "Leyenda de Zelda", la cuál dice que hace mucho tiempo, el Príncipe de Hyrule quería saber la ubicación exacta de la Trifuerza, pero Zelda se negó a decirle su ubicación. Con el fin de obtener información, el príncipe trajo a un mago para interrogarla. Al no poder obtener nada, el mago la hechizó sumiéndola en un sueño eterno. El príncipe, sintiéndose muy culpable de este hecho, la llevó hasta la torre del Castillo del Norte, con la esperanza de que algún día despertara. Además, el príncipe decretó que toda niña que naciera en la Familia Real de Hyrule llevaría el nombre de Zelda, para recordarla.

Impa le dice a Link que la marca de la mano significa que él es el héroe elegido para despertar a Zelda. Impa da a Link un cofre que contiene seis cristales y escritos antiguos que indican que cada cristal debe ser colocado en una mazmorra diferente de Hyrule. Esto abrirá el camino hacia el Gran Palacio, donde se encuentra la Trifuerza del Valor, que tiene el poder suficiente como para despertar a Zelda. Con los cristales en su mano, Link se dispone a colocarlos en sus respectivos palacios. Mientras tanto, los seguidores de Ganon están tratando de matar a Link, para rociar su sangre en las cenizas de Ganon, lo que podría resucitar a su amo.

En última instancia, Link coloca los cristales en los seis palacios, y con los cristales en su lugar, la entrada del Gran Palacio se abre. Después de aventurarse en lo más profundo, Link libra una lucha contra Link Oscuro y lo derrota. Después de esto, Link consigue la Trifuerza del Valor, y con ella despierta a Zelda.