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Muchos siglos antes de los acontecimientos del juego, en la tierra de Hyrule, muchos partidos procuraron entrar en el mítico Reino Sagrado, donde descansa la omnipotente y omnisciente Trifuerza, una reliquia que tiene el poder de otorgar el mayor deseo de la persona que la tocara y, fue rumoreado que se encontraba allí. Finalmente, el ladrón Ganondorf logró satisfactoriamente tocar la Trifuerza, convirtiendo el Reino Sagrado en una tierra oscura y baldía llamada Mundo Oscuro, además de perder su humanidad transformándose en una bestia conocida como Ganon. Ganon pronto armo un ejército con el que se dispuso a conquistar Hyrule. Con el fin de sellar a Ganon y evitar que causara más destrucción y dolor, el Rey de Hyrule mando a los Siete Sabios sellarlo en el Mundo Oscuro. Los Soldados de Hyrule defendían valientemente a los Sabios de las fuerzas de Ganon, consiguiendo colocar el sello satisfactoriamente. Sin embargo, el número de soldados de Hyrule fue casi completamente borrado como consecuencia de la batalla.

El Principio

Siglos más tarde, el misterioso hechicero Agahnim ha engañado y ha depuesto al Rey de Hyrule. Agahnim ordena a los soldados de Hyrule capturar a las Siete Doncellas, las descendientes de los Siete Sabios. Cada noche, en una torre del Castillo de Hyrule, las envia al Mundo Oscuro para romper el sello colocado sobre Ganon y su ejército. Zelda, la princesa de Hyrule, es una de las Siete Doncellas y está encarcelada por Agahnim para luego ser usada en este ritual. Con un mensaje de socorro telepático dirigido a un joven llamado Link, y a su tío, pide que la vayan a rescatar de su cautiverio en las mazmorras del Castillo de Hyrule. Link despierta para ver a su tío equipado con su espada y escudo y decide partir a la llamada, no sin antes ordenar a Link que no saliese de la casa bajo ningún concepto. Pero este decide no hacerle caso y dirigirse al castillo para ver qué era lo que pasaba.

 

Una vez Link consigue adentrarse en el castillo, lo primero con lo que se encuentra es a su tío moribundo, el cual le confía la misión de rescatar a la princesa, dándole su espada y escudo. Link encuentra a la princesa en las mazmorras del sótano, y una vez liberada la lleva por un pasadizo secreto al Santuario, donde el sacerdote le indica que para detener a Agahnim es imprescindible la legendaria Espada Maestra, la única que puede romper la barrera que protege su escondite. Link parte a Kakariko en busca de Sahasrahla para preguntar sobre la espada, pero se da cuenta que ya no está. Al encontrar a Sahasrahla, el anciano le dice a Link que para demostrar que es digno de empuñar la Espada Maestra, debe poseer los colgantes del Poder, la Sabiduría y el Valor: los tres valores que caracterizan a las Diosas (Din, Farore y Nayru, respectivamente). Así, Link parte en la búsqueda de los colgantes, enfrentándose a muchos desafíos y enemigos en las mazmorras, mientras que la princesa esta bajo el cuidado del sacerdote y con la única pista de que uno de los Antiguos Sabios vive en el pueblo Kakariko.

El Mundo de la Luz

 

Cuando Link recupera el Colgante del Valor en el Palacio del Este, tiene que volver a hablar con Sahasrahla. Al ver el colgante, Sahasrahla se convence del potencial de Link de convertirse en el héroe legendario, y le da las Botas de Pegaso, que le otorgarán una gran velocidad para correr. Link viaja al sur para llegar hasta el Desierto Misterioso, donde una lápida misteriosa con una inscripción le impide continuar. En una cueva cercana, Link encuentra a un anciano llamado Aginah, un sabio que le habla sobre el Libro de Mudora, un libro antiguo que permite a Link descifrar las palabras del Hylian antiguo. Usando las Botas de Pegaso, Link se dirige a la Casa del Libro donde esta el libro arriba de un estante, entonces, Link corre hacia el estante con las Botas de Pegaso, haciendo caer el libro, para luego usarlo en la lápida del Desierto y entrar con éxito a la mazmorra, lo que le permite recuperar el Colgante del Poder. Mientras atraviesa las cavernosas profundidades de la Montaña de la Muerte, Link se encuentra con un hombre que está perdido, cuya nieta fue una de las Siete Doncellas. Como agradecimiento por haberlo ayudado a llevarlo a su casa en la montaña, el anciano le da a Link un objeto llamado Espejo Mágico. Link usa un portal que está en la montaña para entrar al Mundo Oscuro, pero se transformará en un conejo, como los que entran en el Mundo Oscuro se transforman en una forma que refleja lo que está dentro de su corazón. Desafiando a la complicada Torre de Hera, Link obtiene el tercer y último colgante, el Colgante de la Sabiduría, así como la Perla de la Luna, que otorga la inmunidad contra los efectos de las transformaciones en el Mundo Oscuro.

Después de conseguir con éxito los tres colgantes, Link saca la Espada Maestra de su pedestal ubicada en el Bosque Perdido. Casi de inmediato, Link entra en contacto con Zelda telepáticamente, cuyo escondite en el Santuario ha sido descubierto por los guardias de Agahnim. Zelda es llevada una vez más al Castillo de Hyrule, donde Agahnim estará listo para transportarla al Mundo Oscuro. Rompiendo la barrera colocada sobre la puerta de la Torre del Castillo de Hyrule, Link sube a la torre y se enfrenta a Agahnim. Sin embargo, ya es demasiado tarde, y Agahnim envía a Zelda al Mundo Oscuro. Link y Agahnim comienzan a luchar, devolviendo la magia de Agahnim con la Espada Maestra, Link aparentemente derrota al hechicero. Sin embargo, Agahnim le dice que sus esfuerzos han sido en vano, y envía a Link al Mundo Oscuro.

El Mundo Oscuro

 

Al llegar al Mundo Oscuro, Link es contactado por Sahasrahla, y le dice sobre un modo de detener la conspiración de la maldad de Agahnim. Link tiene que rescatar a las Siete Doncellas encarceladas en las mazmorras de todo Hyrule. Después de la liberación de seis de ellas, Link finalmente libera a Zelda, la séptima doncella. Con el poder de las Siete Doncellas, Link rompe el sello de la Torre de Ganon y va en busca de Agahnim. Después de que Agahnim sea derrotado una vez más, Ganon es visto a la rebelión del cuerpo de Agahnim antes de convertirse en un murciélago y escapar a la pirámide. Más tarde, Ganon dice que Agahnim era su alter ego. Link persigue a Ganon a la Pirámide y después de una batalla larga y feroz, Link derrota al Rey del Mal con una Flecha de Plata. Una escalera se abre y la Trifuerza, una reliquia omnipotente de oro que concede el deseo de quien lo toque, aparece ante Link. Con un corazón puro, Link desea que el mal hecho por Ganon sea deshecho. Después de que la paz sea restaurada a Hyrule, Link clava la Espada Maestra para descansar en el Pedestal del Tiempo.