La historia de Majora's Mask se establece después de los acontecimientos de Ocarina of Time. Después de la derrota de Ganondorf, Link es enviado de vuelta a su tiempo para que pudiera volver a vivir su infancia. Después de algún tiempo, él emprende un viaje con su caballo, Epona, para encontrar un amigo no identificado que perdió después de su batalla contra el mal. Un efecto sonoro de hada se reproduce cuando esta información es dada en el juego, probablemente implica que este amigo es Navi, compañera hadas de Link que se marcho al final de su aventura en Ocarina of Time.

Mientras viajaba por la parte profunda del Bosque Perdido, Link es emboscado y derribado de su caballo por Skull Kid, un extraño ser que lleva una peculiar máscara, y sus dos amigos, las hadas Taya y Tael. Skull Kid inicialmente parece reconocer a Link de alguna manera, pero rápidamente lo descarta, tomando su Ocarina del Tiempo. Mientras que Skull Kid intenta tocar la ocarina, Link vuelve en sí, y se acerca a Skull Kid, tratando de arremeter contra él para recuperar su ocarina, pero Skull Kid rápidamente monta en Epona y trata de escapar. Link es capaz de aferrarse a Epona por un tiempo antes de caer, tratando de perseguir a Skull Kid. Link los sigue hasta una entrada que conduce a un gran árbol hueco. Una vez dentro, Link se encuentra en el borde de un gran abismo, y es demasiado tarde para salvarse de caer en él.

En el interior del abismo, Link se enfrenta al regodeo de Skull Kid, que afirma que "se deshizo" del caballo de Link. Usando los poderes malignos de la máscara, Skull Kid transforma a Link en un Matorral Deku. Tras esto, Skull Kid se marcha, pero Taya se queda atrás separandose de su hermano, Tael, y no tiene más remedio que pedir la ayuda de Link para reencontrarse con sus compañeros. Después recorrer un complejo de cuevas subterráneas, Link se encuentra con el misterioso Vendedor de Máscaras, quien tiene el poder de devolverle a su verdadera forma, aunque en primer lugar Link debe recuperar su Ocarina del Tiempo. A cambio, le pide a Link que recupere la Máscara de Majora que portaba Skull Kid.

Máscara de Majora

Al salir de las cuevas, Link y Taya se encuentran en el centro de Ciudad Reloj, centro geográfico y económico de Termina, un mundo paralelo a Hyrule. Ellos descubren que han llegado mientras la ciudad está en plena preparación para su festival anual, el Carnaval del Tiempo. Poco a poco, Link se entera de que una catástrofe inminente amenaza la tierra: la Luna en el cielo ha asumido un rostro horrible y ha abandonado su órbita, viajando directamente hacia Termina. 

 

En tres días, colisionara con la Torre Reloj, presumiblemente destruyendo Termina. En el tercer día casi al final, Link encuentra a Skull Kid en lo alto de la Torre Reloj y recupera la Ocarina del Tiempo. Al tocar su instrumento, Link es imbuido por el recuerdo de la princesa Zelda enseñándole la Canción del Tiempo, recordando que la Diosa del Tiempo ayudará a Link si toca la canción. Link se entera gracias al hermano de Taya, Tael, que para derrotar el mal de la Máscara de Majora, debe viajar a las cuatro regiones periféricas de Termina y rescatar "a los cuatro que están ahí", sin especificar mucho en la explicación. Sin ninguna otra opción, Link y Taya tocan la Canción del Tiempo, como se indicó anteriormente.

Link y Taya retroceden en el tiempo, y se encuentran de nuevo en el punto preciso en el tiempo en el que llegaron a Termina. Taya recuerda la promesa del Vendedor de Máscaras, y el vendedor inmediatamente enseña a Link la Canción de Curación, sellando la maldición puesta sobre Link dentro de la Máscara Deku, lo que le permite asumir la forma de Matorral Deku cuando quiera. Sin embargo, cuando el Vendedor de Máscaras ve que Link no pudo obtener la Máscara de Majora, el Vendedor frustrado les revela la verdadera naturaleza de la máscara, que fue creado por una tribu extinta hace tiempo para su uso en sus rituales, pero temiendo su poder oscuro y el mal uso, la sellaron para evitar un cataclismo mortal. El Vendedor de Máscaras, finalmente la recuperó, pero él también fue emboscado por Skull Kid en su viaje. Una vez que tuvo la máscara, Skull Kid utilizo su poder para hacer el mal en Termina y atraer a la Luna para destruir Termina. El Vendedor de Máscaras, consciente de los actos pasados ​​de Link de heroísmo, tiene fe en su capacidad para recuperar la máscara antes de que salga de Termina después de tres días.

Pantano y Montaña

 

Con esta misión, Link se dirige hacia el Pantano del Sur, cuyas aguas han sido envenenadas, como resultado de un monstruo maligno que se ha apoderado del Templo del Bosque Catarata. Link con el tiempo encuentra a un grupo de monos, cuyo hermano ha sido secuestrado por la Familia Real Deku que gobierna esas tierras. Cuando llega al Palacio Deku, Link descubre que el mono ha sido erróneamente culpado por el secuestro de la Princesa Deku. Link es capaz de colarse en la celda del mono, y aprende de él la Sonata del Despertar, que abre el camino al Templo del Bosque Catarata. Link derrota al malvado Odolwa dentro del templo, y libera un espíritu inocente que había sido sellado en el interior de su cuerpo. El espíritu, resulta ser uno de los Cuatro Gigantes, deidades que protegen las cuatro regiones periféricas de Termina, y enseña a Link la Oda al Orden, una canción con la que Link puede convocar a los Cuatro Gigantes para frenar a la Luna. Una vez que Link devuelve a la Princesa Deku al castillo, el mono inocente es absuelto de todos los cargos, y el pantano vuelve a la paz una vez más.

Con el Arco del Héroe que encontró dentro del Templo del Bosque Catarata, Link es capaz de acceder al Pico Nevado en el norte, que se encuentra atrapado en una temporada de invierno perpetuo. Usando la Lupa de la Verdad, Link es capaz de ver el fantasma de Darmani, un héroe caído de los Goron que residen en la montaña. Sigue al fantasma Darmani a su tumba, donde le cuenta su historia y su decepción con la muerte antes de que pudiera salvar a su pueblo. Link toca la Canción de Curación, sanando su alma, y le permiten pasar al reino de los mortales, sellando su espíritu dentro de la Máscara Goron, que Link usa para asumir su forma. Dentro del Santuario Goron, un bebé Goron está llorando por su padre desaparecido.

Link finalmente encuentra al Anciano Goron, que pregunta a "Darmani" si puede aliviar la angustia de su hijo tocando la Nana Goron, sin embargo, no puede recordar toda la canción. Cuando Link toca la canción sin terminar para el Hijo del Anciano Goron, él le enseña al resto de la canción, sin darse cuenta causando a sí mismo caer dormido. Link toca la Nana Goron para el hechizado Biggoron que inadvertidamente causó la muerte de Darmani, lo que le permite entrar al Templo del Pico Nevado. Después de derrotar a Goht en su interior, la primavera regresa a las montañas. Con la llegada de la primavera, Link tiene acceso a una cueva en la que vive Medigoron, un fabricante de Barriles de Pólvora. Después de pasar una pequeña prueba, Link obtiene permiso para llevar Barriles de Pólvora y usarlos a su disposición.

Océano y Cañón

Usando el polvorín, Link es capaz de acceder al Rancho Romani, donde está su yegua, todavía con vida a pesar de las palabras anteriores de Skull Kid. Después de prometer a Romani ayudar a salvar a las vacas de los invasores misteriosos, Link aprende la Canción de Epona, lo que le permite llamar a Epona en ciertos lugares. Haciendo uso de su yegua, él es capaz de saltar la valla que conduce a la Gran Bahía en el oeste. La temperatura del agua del mar se ha vuelto progresivamente cálida, haciéndolo inhóspito para las formas de vida acuáticas. Cerca de la playa, Link encuentra un Zora herido fatalmente. El Zora, cuyo nombre es Mikau, le dice a Link los problemas que han ocurrido en la Gran Bahía, entre ellos la captura de los huevos de Lulu, su compañera de banda en la banda musical de los los Zora, los Indigo-Go, antes de desplomarse. Link sana su alma con la Canción de Curación, sellando su espíritu en el interior de la Máscara Zora. Utilizando la capacidad de su nueva transformación para la natación, Link es capaz de colarse en el interior de la Fortaleza de las Piratas que capturaron los huevos de Lulu.

Mientras que esta allí, oye por casualidad una conversación entre Aveil y una subordinado, mientras se transportaban de los huevos de Zora a su bastión, los piratas fueron atacadas por las Serpientes Marinas, perdiendo tres huevos cerca de la Roca Pináculo. Link es capaz de comerciar con un local pescador, que le da un Caballito de Mar. El Caballito de Mar, deseando reunirse con su compañero, guía a Link a la Roca Pináculo, donde rescata los huevos finales. Link toma todos los huevos en el Laboratorio de Desarrollo Marino, donde eclosionan y enseñan a Link la Nueva Bossanova, el profesor de dicho laboratorio le dice que debe tocar la canción con Lulu. Mientras lo hace, la voz de Lulu se restaura, y se despierta a la Tortuga Gigante un guardián del mar. La tortuga gigante lleva a Link al Templo de la Gran Bahía, en el que vence a Gyorg y restablece la temperatura del agua.

Usando una máscara que obtuvo de los Hermanos Gorman anteriormente, Link es capaz de entrar en el Cañón de Ikana, hogar una vez de una orgullosa nación guerra. Esta tierra inhóspita está casi totalmente desprovista de habitantes, aunque un grupo de Gibdos ha rodeado una casa cercana. Link es capaz de restaurar el flujo de agua, activando la Casa de la Caja de Música. Esta canción hace que los Gibdos se retiren, permitiendo que la niña que vive allí pueda salir de su casa libremente de nuevo. Link es capaz de pasar entrar furtivamente en su casa, donde encuentra a su padre deformado, que ha sido maldecido por los Gibdos. Link toca la Canción de Curación, sellando la maldición dentro de la Máscara Gibdo. Link es capaz de utilizar la máscara para atravesar el pozo vacío cercano, que lo lleva al antiguo Castillo de Ikana.

Dentro del Castillo de Ikana, Link encuentra a los Igos du Ikana y su rey. Después de derrotarlos, los Igos hablan sobre la maldición que fue colocada en su tierra, impidiendo que cualquier ser pudiera descansar en paz. Link aprende la Elegía al Vacío, que puede invocar copias de sus diversas formas, lo que le permite entrar en el Templo de la Torre de Piedra. Con el fin de completar el templo, Link debe manipular la propia gravedad. Después de derrotar a Twinmold, los no-muertos de Ikana pueden descansar en paz, y Link ha rescatado a todos los Cuatro Gigantes.

Batalla Final

Link se entera de que los Cuatro Gigantes fueron una vez amigos de Skull Kid, a quien tuvieron que dejar atrás cuando salieron para proteger la tierra de Termina. Usando la Oda al Orden, Link convoca a los Cuatro Gigantes en vísperas del Carnaval del Tiempo, los cuales son realmente capaces de detener la Luna, y Skull Kid cae inconsciente. 

 

Taya y Tael se vuelven a reunir y celebran su victoria, sin embargo, la máscara se revela como capaz de actuar por sus propios medios, y viaja a la Luna, siendo capaz de derribarla con más fuerza, impidiendo incluso que los Cuatro Gigantes puedan detenerla. Aunque Taya tiene dudas de rogar a Link que vuelva a restaurar el primer día, se da cuenta de que tiene que destruir el espíritu dentro de la máscara para liberar a la tierra. Link con valentía viaja a la Luna tras la máscara.

En el interior de la Luna, Link se encuentra en un campo pastoral, verde poblado por extraños niños que usan las máscaras que portaban los jefes de los distintos templos, además de llevar también una máscara de Majora. Si Link ha acumulado todas las máscaras y resuelve las pruebas de los niños, el niño que lleva la Máscara de Majora da a Link la Máscara de la Fiera Deidad, para que tenga una batalla más equilibrada con Majora. Después de que Link derrote a las tres formas de Majora, la máscara se vuelve impotente, y amanece un nuevo día. Los Cuatro Gigantes, a pesar de que deben marchar una vez más, hacen saber a Skull Kid que no le olvidan, y el Vendedor de Máscaras recupera su máscara. Link deja Termina atrás para continuar la búsqueda de su amigo desaparecido, mientras los felices habitantes de Termina celebran el Carnaval del Tiempo.