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Phantom Hourglass es una secuela directa de The Wind Waker y se encuentra varios meses después de los acontecimientos de The Wind Waker. El juego comienza con un recuento de los eventos de The Wind Waker, que termina con Link montado a bordo del Barco Pirata de Tetra. Link, Tetra y sus piratas están en el mar y buscando el Barco Fantasma, del que se rumorea que navega por las aguas de esa zona, secuestrando marineros y residentes de islas cercanas. 

 

Tetra, convencida de que el barco fantasma no es más que unos piratas problemáticos, y está decidida a enseñarles que los piratas también tienen reglas. Cuando un buque misterioso aparece en medio de una densa niebla, Tetra salta a bordo para explorar. Tetra grita y el barco se aleja, comenzando a desaparecer con ella a bordo. Link intenta saltar y salvarla, pero cae al agua.

Después de tener una visión de Tetra siendo rodeada por la oscuridad y pidiendo su ayuda, Link aparece en Isla Mercay y se encuentra con un hada llamada Ciela. Ciela se une a Link y le dice que vaya a ver a su "abuelo", un anciano llamado Siwan. Este le dice a Link que busque a un tal Linebeck, que está en la ciudad. Link descubre que el puente que da acceso a la ciudad está roto e informa de ello a Siwan, que dice a Link la existencia de una segunda ruta llena de monstruos. Ciela recuerda haber visto una espada en almacén de Siwan, que rápidamente consigue Link. Siwan descubre que Link la ha cogido, pero (de mala gana) le permite usarla. Link viaja al otro lado de la isla y entra en el Templo del Rey del Mar, donde se encuentra con Linebeck atrapado, el cuál intentaba encontrar en el interior un tesoro. Linebeck le dice a Link que el templo drena la vida de los seres vivos si uno permanece en él durante demasiado tiempo.

La Búsqueda

Link recibe la tarea de restaurar los Tres Espíritus de Poder, Sabiduría y Valor superando los Templos de Fuego, Viento y Valor, respectivamente. Estos espíritus, que resultan ser las hadas, se unen a Link y le asisten en el Templo del Rey del Mar, donde Link recibe el Reloj Espectral, un extraño objeto que permite a Link resistir el efecto de drenaje del templo por un tiempo limitado, dependiendo de la cantidad de arena dentro del reloj. 

 

Sin embargo, después de derrotar al jefe del Templo del Valor, el Hada del Valor es salvada, pero a diferencia de las otras dos hadas rescatadas, no tiene color. Ciela se fusiona con el hada sin color, revelando que ella es el Espíritu del Valor. Con la ayuda de los espíritus, Linebeck y Link entonces se lanzan a perseguir al barco fantasma.

Después de rescatar y derrotar a las Hermanas Diabólicas Cubus en el interior del Barco Fantasma, Link y Linebeck encuentran a Tetra, sin embargo, la mayor parte de su fuerza vital ha sido extraída de ella y se ha convertido en piedra. Siwan llega y revela que él es en realidad el Rey del Mar. Según él, algunos años antes de los acontecimientos del juego, un monstruo malvado llamado Bellum apareció, con hambre de consumir la fuerza vital que poseen todos los seres vivos. Él utilizó la fuerza absorbida para crear monstruos poderosos, como los jefes de las mazmorras y los espectros en el Templo del Rey del Mar, y selló a las tres hadas del Poder, Sabiduría y Valor. Ciela, el Hada del Valor, fue capaz de crear un clon de sí misma (al igual que lo hizo el Rey del Mar) y huyó, pero como resultado, perdió la memoria. El Rey del Mar trató de luchar contra Bellum, pero su verdadero yo fue sellado por Bellum.

Link luego se entera de que la única manera de derrotar a Bellum es forjar la Espada Espectral a partir de tres metales puros, que se encuentran en las distintas islas locales. Sin embargo, Linebeck no está dispuesto a ayudar más, ya que no había ningún tesoro en el Barco Fantasma. El Rey del Mar ofrece entonces un deseo a Linebeck si sigue ayudando a Link. Linebeck inmediatamente acepta el acuerdo, y el trío se pone en marcha. Después de recoger los metales y forjar la Espada Espada Espectral, Link desciende al nivel inferior del Templo del Rey del Mar, y después de una batalla feroz, parece haber matado a la bestia Bellum. Tetra vuelve a la normalidad, pero cuando el grupo está a punto de celebrar su victoria, Bellum re-emerge desde las profundidades del océano y toma de nuevo a Tetra, además de poseer al Barco Fantasma.

El Desenlace

Link a bordo del S.S. Linebeck sigue al Barco Fantasma, disparandole con el cañón hasta derrotarlo. El barco queda destruido, creando un campo de batalla en el que Bellum agarra a Link y Tetra. Linebeck luego toma la Espada Espectral, temblando de miedo, aunque es capaz liberar a Link y Tetra. Linebeck pasa la espada rápidamente a Link antes de ser poseído por Bellum. 

 

Link sin otra opción, lucha contra Linebeck poseído, y se las arregla para expulsar al espíritu maligno de su cuerpo. Bellum entonces es derrotado una vez más, esta vez, para siempre.

A medida que la aventura finaliza, la arena del Reloj Espectral se lanza de nuevo al mar. Siwan, ahora en su verdadera forma de ballena blanca, se prepara para partir con los espíritus, mientras que Linebeck, sorprendiendo a todos, no desea un tesoro, pide la reparación de su barco. El Rey del Mar revela a Link y Tetra que no están en su propio mundo, ya que todo el mundo se transporta a su mundo cuando abordaba el Barco Fantasma. Después de que todos se despiden, Link y Tetra se encuentran de nuevo en el barco pirata. Al parecer, sólo diez minutos han pasado desde que Tetra subido a bordo del Barco Fantasma. El resto de la tripulación dice que nada trascendental ocurrió, e insisten en que la aventura de Link y Tetra es un sueño. Sin embargo, Link todavía posee el Reloj Espectral vacío, y ve al S.S. Linebeck en el horizonte, sabiendo que su aventura fue real.